林邊溪主要係供農業及環境保育用水，而其主要污染來源（以生化需氧量Bop5代表）分別為家庭污水（佔16％）、畜牧廢水（佔54％）、魚塭排水（佔30％）；依其污染程度之比例為未（稍）受污染段25％、輕度污染段37％、中度污染段38％、嚴重污染段為0％。而依其目前之水質狀況建議將之歸類為二類水體（適用於二、三級公共給水，一、二級水產用水，一、二級工業用水，灌溉用水及環境保育用水）