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地形
玉山─上游地形，穿越許多連續的峽谷。
塔古夫庫沖積扇─這可是全台灣扇形最完整、規模最大的一個沖積扇
屏東平原─這裡的河道分歧的厲害荖濃溪因此成了特殊的髮辮狀
蚊仔只沖積扇─這也是不輸給塔古夫的典型沖積扇
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植物
水邊植物
生長在河川兩岸成淺水的植物，又稱濱溪植物。
有孟仁草、狼尾草、紅毛草、甜根子草
挺水植物
生長在水深半公尺到一公尺左右的淺水區，根固著在水底土壤，莖葉的一部份或大部份伸出水面。如蘆葦。
漂浮植物
植物根系並沒有固著於泥土中，而是沉於水中，植物體則漂浮於水面，某些還具有特化的氣囊以利於漂浮。如布袋蓮。
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魚類
目前發現了３１種。其中還有八種是所謂的「台灣特有種」。
上游
上游的環境一般而言，水質清澈沒有污染，河水冷，河川較窄較淺，底質以大小不一的石塊為主，水生植物主要為附著性藻類。在這樣的河段，分布的魚種較少，主要的魚種，包括高身 魚固 魚、魚固 魚、台灣馬口魚、台灣石、台灣間爬岩鰍、南台吻虎等種類。
中游
中游的環境一般而言，水質清澈大多沒有或稍受污染，河川開闊，有急瀨、平瀨、深流、深潭等的變化，底質為中等卵石與泥沙為主，水生植物包括了附著性藻類及維管束水草。在這樣的河段，可說是純淡水魚分布的魚種最多的區域，主要的魚種，除了前述魚類，尚包括中間鰍鮀、何氏棘、粗首、日本禿頭鯊、羅漢魚、極樂吻虎、高體……等種類。
下游
到了下游就髒多了。水質因為養殖及工業廢水排入，水質受污染且呈現污濁狀態，水流多為緩流，水深而呈分層現象，水生植物以維管束水草及浮游性藻類為主，底質主要為泥沙。此河段的魚種，除了包括中游的魚類外，尚包括了適合緩流的鯉科魚類（條、羅漢魚、台灣石鮒、高體等）及河海迴游魚類（鯔科、虎科）。
河口的環境一般而言，水本身為淡、海水混合而成，出現魚種包括純淡水魚、河海迴游魚類及海水魚，魚種種類多，此區的優勢魚種，包括鯔科、虎科、左鰈科、科、條紋雞魚科、鯡科、雙邊魚科等。
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昆蟲
上游水中容氧量比較高，且水溫又冷，水生昆蟲較不常見。可是到了中下游地區，水中植物一多，靠水中浮游生物、水草為食的水生昆蟲有水黽、鼓蟲、石蠶蛾。
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哺乳類
台灣獼猴、 黑熊、棕簑貓、石虎、山羌、水鹿、台灣森鼠、白鼻心
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鳥類
共有二百七十五種，分屬五十四科。其中保育類有六十四種，台灣特有種有十三種。
高山植物帶
此區域約在三○○○∼三五○○公尺以上，植被以草原及裸露地為主，食物來源少，加上氣候變化大，鳥類種類較少，常見約有岩鷚、朱雀、鷦鷯與金翼白眉等。
亞高山冷杉林帶及高山鐵杉林帶
約在海拔二五○○∼三五○○公尺之間的針葉林，主要為台灣冷杉、台灣鐵杉、台灣雲杉、台灣二葉松，林下植被較不茂密，森林垂直分層較少，但鳥類種類比草原帶增加許多，常見種類有火冠戴菊鳥、鷦鷯、金翼白眉、灰頭花翼畫眉、朱雀、煤山雀、黃羽鸚嘴、星鴉與巨嘴鴉等，並可見小剪尾在此區的溪流活動。
檜木林帶
約在海拔高度一八○○∼二五○○公尺，為針葉樹與闊葉樹混生林帶，主要組成為紅檜、台灣鐵杉等。本區為台灣主要雲霧帶，降雨量高，因此林下陰性植物及附生植物多，森林垂直分層較多，鳥類種類較前述各區為多，常見鳥類有茶腹、栗背林鴝、白耳畫眉、藪鳥、紋翼畫眉、冠羽畫眉、深山鶯、黃腹青鶲、黃山雀
與棕面鶯等，小剪尾、鉛色水鶇會在此區的溪流活動。
闊葉林帶
約在海拔高度二○○○公尺以下，均為闊葉林植物，主要為樟科、殼斗科、桑科植物。植物種類與垂直分層均多，提供多樣棲息環境，又均為闊葉林，可食用之花、果或隨之衍生之昆蟲……等小生物大幅增加，能提供多種鳥類在此棲息。此地區常見的鳥類，在海拔一○○○∼二○○○公尺間，森林底層有帝雉、深山竹雞、藪鳥、竹鳥、頭烏線等，森林中上層有綠鳩、冠羽畫眉、白耳畫眉、繡眼畫眉、小卷尾、青背山雀、紅頭山雀等，溪流中有鉛色水鶇、紫嘯鶇、河烏等；一○○○公尺以下的鳥種，森林底層有藍腹鷴、竹雞、山紅頭、頭烏線等，森林中上層有紅山椒鳥、小啄木、黑枕藍鶲、小卷尾、繡眼畫眉、台灣藍鵲、紅嘴黑鵯等，溪流中有鉛色水鶇、紫嘯鶇、綠蓑鷺、小白鷺等。但在人工林區，因為植栽樹種多以柳杉等針葉樹為主，林下植被又常被林相更新，環境多樣性及植物豐富程度均不及天然林，因此出現鳥類的種類及數量均少，甚至如綠鳩、紅山椒等鳥類，幾乎絕跡於人工林中。
低地平原
平原地帶多已遭人為開發，蔗田、稻田、果園等環境成為鳥類棲息的場所。由於這些環境人為干擾程度嚴重，可在此區活動的鳥類多只限不甚畏懼人的種類，包括有牛背鷺、紅鳩、珠頸斑鳩、家燕、洋燕、麻雀、白頭翁、大卷尾和綠繡眼等，溪流中可見小白鷺、白鶺鴒，小環頸雉、鷹斑鷸、紅冠水雞等。
海岸植物帶
河口區因為魚產豐富，又處候鳥南來北返之道，向為候鳥棲息重地，但高屏溪因為河口外有一外海溺谷，高屏溪所攜帶下來的泥沙均填入谷中，因此河口的沙洲、浮覆地並不發達，候鳥中屬水鳥的鳥類，可棲息的區域較窄，但在河床上五節芒大片生長，提供給陸棲性候鳥活動的空間，在此區活動的鳥種包括鷺科、科、鷸科、鷗科、鶯科、鶇科、雀科等，黑面琵鷺亦曾來此度冬。
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爬蟲類
爬蟲類有蛇、蜥蜴及龜鱉類，共有九科四十三種，其中保育類有十五種，台灣特有種有六種。
二○○○公尺以上區域
這裡又高又冷，爬蟲類是變溫動物，較不適應低溫的環境，此區出現的爬蟲類種類少，主要為標蛇。
五○○∼二○○○公尺間山區
這裡的爬蟲類動物比高山上豐富很多。會出現的種類包括蛇蜥、標蛇、環紋赤蛇、百步蛇、黑頭蛇等。
五○○公尺以下的郊山及平地地區
這裡比較熱，最適合變溫動物活動了。蠍虎、斯文豪氏攀蜥、台灣草蜥、蓬萊草蜥、中國石龍子、股鱗蜓蜥、臭青公、茶斑蛇、水蛇、龜殼花、眼鏡蛇、雨傘節及龜鱉類等，而多線南蜥近年來族群增加速度很快。
二○○○公尺以上區域
這裡又冷又乾，不適合蛙類居住，所以住這的種類不多，主要有莫氏樹蛙等 。
五○○∼二○○○公尺間山區
住這裡的兩棲朋友多了點，可是還算少的啦。像盤谷蟾蜍、艾氏樹蛙、莫氏樹蛙等樹蛙類、梭德氏蛙、斯文豪氏蛙等。
五○○公尺以下郊山及平地地區
這裡兩棲類最多了。包括黑眶蟾蜍、小雨蛙類、樹蛙類、赤蛙類等。除了山椒魚類及盤谷蟾蜍等少數較耐寒的蛙類，此區為台灣大部分的兩生類主要的棲息地。
平地農耕地帶
由於溝渠水泥化等人為棲息環境破壞及農藥等水質污染，較不耐污染的種類就大量消失，如虎皮蛙。
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