根據學者的調查，整個淡水河系的魚類約有五十六種之譜。這當中的魚種又以新店溪最多約有四十三種；次之的基隆河和大漢溪則約有三十三種；淡水河的魚種最少約有十九種。如依照的耐鹽性與洄游性則可分為：
一次淡水魚（代表性魚為鯉魚）、
二次淡水魚（代表性魚為香魚）及 週邊淡水魚（代表魚為烏魚）。